哈尔滨医科大学附属第二医院创建于1954年，是集医疗、教学、科研为一体的大型综合性医院，是全国医院中首家通过法国BVQI认证公司ISO9002质量体系认证的医院。

医院占地面积50万平方米，是全国占地面积最大的一所医院。建筑面积24万平方米,拥有1个门诊部、6个住院部，床位1670张，年出院病人5万余人次。在编职工2217人，其中教授210人，副教授243人。医院设有38个临床科室，23个医技科室，拥有国家新药临床试验研究中心，国家药品临床研究基地，黑龙江省器官移植中心、风湿病研究所、心血管外科研究所、黑龙江省普通高校药物药理重点实验室、麻醉基础理论与研究重点实验室以及哈尔滨医科大学血液病研究所、药学药物研究所、呼吸病研究所。医院拥有伽玛刀、MIR、螺旋CT、DSA、ECT等先进的医疗设备。拥有国内医院中一流的科研中心和动物实验中心。

作为哈尔滨医科大学重要的临床教学基地，拥有博士点26个，硕士点31个，拥有临床医学博士后流动站和临床药学博士后科研工作站，8个省级重点学科。每年除完成博士生、硕士生、本科生的教学任务外，同时承担专科生、成人高等教育以及进修医生教育等多个轨道、多层次的教学任务。2000—2003年期间，承担省级以上课题177项，其中国家“863”项目一项，国家杰出青年基金1项；国家自然基金19项；获省级以上科技进步奖46次，其中国家科技进步奖1次，部委级科技进步奖8项。

医院一直坚持开展高、精、尖医疗新技术，成功地完成心脏移植、心肺联合移植、胰肾联合移植、肝脏移植、脾脏移植、肾脏移植等器官移植工作，使我院在器官移植种类、技术和质量等方面都居国内领先地位，“换心人”杨玉民现已生存12年，创造了心脏移植术后生命质量最好、生存时间最长的全国记录。心脏移植课题组在2001年荣获中华医学科技进步一等奖；2002年荣获国家科技进步二等奖。

医院以“病员至上，细心医护”为医训，重视医德医风建设，开展“以病人为中心”的整体护理工作，满足、方便了不同层次患者的医疗、保健、康复需求，使我院整体护理工作走在了全国的前列。2001年4月，哈尔滨医科大学护理学院在我院成立，同年5月，我院护理部李秋杰主任被世界卫生组织授予第38届南丁格尔奖章，这是护理界的世界最高荣誉。

一流的技术、一流的服务赢得了社会广泛赞誉。曾多次荣获国务院，国家劳动人事部、卫生部、省政府嘉奖，先后荣获“三级甲等医院”、全国“百佳医院”、“全国卫生系统先进集体”、全国绿化四百强单位、国家十部委授予全国科技、文化、卫生“三下乡”先进集体等光荣称号。

伴随着人类社会的进步，环境与健康，人与自然相和谐，越来越成为关注的焦点。几年来医院进行了内外环境的改造工作，种植草坪20余万平方米，植树100多个品种，为病人营造了一个温馨的治疗和康复环境。

21世纪是信息产业与知识产业高度融合的时代，为提高医院信息处理能力，实现与国际信息交流手段的现代化，我院建立了园区主干网，实现了医院信息、管理网络化。